O Independente acreditou em ilusões em 2009. Uma delas foi uma possível parceria com o Corinthians, que estava sendo tratada diretamente com o diretor de futebol Wagner Ginez, que voltou ao clube após um período de afastamento. Mas nada deu certo e até o dirigente deixou o clube antes do início do Campeonato Paulista da Segundona.
Antes disso, Ginez apresentou o elenco e o técnico Alexandre Vinck, indicado por Claudemir Peixoto para debutar no novo cargo.
A estreia foi no dia 19/04 contra o Paulínia, fora de casa. O Galo pecou no sistema defensivo, saiu perdendo por 3 a 0, mas reagiu no fim, logo após a entrada de Batatinha. Mesmo com 10 homens em campo - Felipe Nathan foi expulso - a equipe limeirense marcou duas vezes, com Batatinha e Gabriel. Tarde demais. Mesmo assim, o torcedor ficou contente com a disposição no segundo tempo.
Torcida do Independente fez o enterro da rival Internacional, que caiu para a Segundona após campanha pífia na Série A-3
Para o clássico regional contra o Lemense, no Pradão pela segunda rodada, bom público em uma sexta-feira à noite. Apesar do incentivo, o placar em branco foi inevitável pela falta de criatividade da equipe galista. Dois jogadores foram expulsos, Matheus Dantas e Batatinha.
O Independente viajou confiante para Mogi Guaçu. Quando a equipe limeirense estava próxima de abrir o placar, o atacante Edelvan foi expulso no primeiro tempo, prejudicando toda equipe. Era a síndrome dos cartões vermelhos atrapalhando o clube mais uma vez. O Guaçuano venceu por 2 a 1, com uma exibição de gala do meia Roberto, clone do argentino Messi e filho do técnico Roberto Fonseca. O único gol galista foi de William.
Sem vencer no campeonato, o Independente recebeu o limitado Rádium de Mococa no Pradão. Era vencer ou vencer. Novamente o ataque deixou a desejar e o empate sem gols irritou o torcedor, que protestou nas arquibancadas. E olha que se não fosse o goleiro Jorge, principal destaque da equipe na temporada, o time visitante sairia com a vitória.
O empate custou o emprego do técnico Alexandre Vinck e Neca, ex-Velo Clube, foi contratado. Sua estreia aconteceu em Sumaré, no dia 08/05. Tendo o atacante Valdeci como homem de confiança no ataque, o Galo venceu por 1 a 0, encerrando um incômodo jejum de resultados positivos. Como naquele campo não existem cabines de imprensa, a Rádio Educadora 1020 AM transmitiu da sala do presidente do clube.
Neca ficou todo eufórico com a vitória e esperava repetir o feito contra o Velo Clube, sua ex-equipe. Durante a semana, o treinador disse que surpreenderia o rubro-verde, pois conhecia todas as jogadas e a forma de a equipe rio-clarense atuar. Mas na prática aconteceu o inverso e o Velo goleou por 4 a 0, em pleno Pradão. É bom lembrar que o meia Guilherme foi expulso no começo do jogo, atrapalhando os planos galistas. O baixinho meia Valdez acabou com o Galo, com uma atuação impecável. O zagueiro Felipe Chimak também foi expulso. Ninguém mais acreditava na reação galista.
Na rodada seguinte o Independente viajou para Porto Ferreira para enfrentar o Palmeirinha, apelidado de "rei do empate". O resultado não poderia ter sido outro: 1 a 1. É bom frisar que o goleiro Jorge evitou a derrota defendendo uma penalidade máxima, enquanto a equipe limeirense perdeu dois gols inacreditáveis aos 45 e aos 47 do segundo tempo, com Edelvan e Felipe Nathan, respectivamente. Nessa partida o meia Alessandro precisou ser levado para a Santa Casa após choque de cabeça no meio-de-campo, lance que deixou todo preocupados.
Mais uma chance em casa foi desperdiçada em 05/06, logo na abertura do returno. O Galo recebeu o entrosado Paulínia e perdeu por 2 a 1. O técnico José Luís Soares assistiu o embate das tribunas e substituiu Neca após a derrota. Nessa partida o atacante Robinho marcou o gol galista, acabando com um jejum de 347 minutos sem o Galo marcar um gol no Pradão.
O novo treinador José Luís Soares chegou todo agitado, prometendo reforços e a classificação.
Sua estreia não foi das melhores: derrota em Leme para o Lemense, de Varley de Carvalho, por 3 a 1. Mesmo assim, Soares garantiu que o Galo se classificaria, o que foi motivo de chacota por parte da imprensa. Isso deixou o comandante magoado. O Independente estava sem moral na divisão.
Uma injeção de ânimo foi dada após a vitória contra o Guaçuano por 3 a 2, no Pradão. Foi um sofrimento só. Os gols galistas foram marcados por Edinho e Valdeci (2). Pela primeira vez pudemos ver José Luís Soares emocionado com o resultado positivo. Ele chegou a chorar em entrevista dada ao repórter César Roberto. Os próprios jogadores comemoraram o resultado como um título de Copa do Mundo. "Tiramos um peso das costas", disse Valdeci, artilheiro do time.
Contra o Radium em Mococa, o Galo conquistou uma das vitórias mais dramáticas dos últimos anos. Após fazer 1 a 0 com Felipão, a equipe limeirense tomou o empate com Luciano, mas venceu aos 40 minutos do 2º tempo com um golaço de Valdeci, que driblou toda defesa do Radium. Indignados com a derrota em casa e com um gol anulado pelo árbitro Flávio Rodrigues Guerra, torcedores invadiram o gramado para bater no trio de arbitragem. O clima ficou pesado e a delegação galista demorou para deixar o estádio.
Um clima positivo foi criado para o duelo contra o Sumaré. Os jornais diziam que uma goleada estava pronta e que o lanterna não seria páreo para o Galo. O Sumaré chegou minutos antes da partida, não aqueceu e foi para o jogo. Nove gols foram marcados, sendo 5 para os visitantes. O Sumaré chegou abrir 4 a 1, para desespero do treinador. Nenhum galista acreditava no que estava presenciando. Era tudo o que os rivais diretos pela classificação queriam, principalmente o Velo Clube, que estava caindo de produção.
Após a derrota, o Independente não dependia mais de suas forças para avançar. Restavam dois jogos para o término da fase de classificação e além de vencer ambos, o Galo tinha que torcer por tropeços do Velo Clube, Radium e Palmeirinha. A desclassificação aconteceu em Rio Claro, com a derrota de virada para o Velo Clube, no chamado "jogo de seis pontos". Villy fez 1 a 0, mas Buiú com dois gols conseguiu a virada. Logo após a derrota, vários jogadores galistas foram dispensados pela diretoria.
Para a última rodada, em 19/07, o Independente entrou em campo com a camisa do Velo Clube por baixo. Mesmo cumprindo tabela, o Galo podia ajudar a equipe rio-clarense vencendo o Palmeirinha, no Pradão. O Velo acreditava que o Independente fosse "entregar o jogo" para prejudicar o rival, mas isso não aconteceu, graças ao profissionalismo exigido pelo treinador. O Galo venceu por 1 a 0, gol de Edinho, mas o Velo perdeu em Paulínia, dando adeus a segunda fase da competição.
Campanha do IndependenteJogos = 14
Vitórias = 04
Empates = 03
Derrotas = 07
Gols Pró = 18
Gols Contra = 25
Saldo de Gols = -07
Pontos = 15
Possíveis = 42
Dentro de Casa
Jogos = 07
Vitórias = 02
Empates = 02
Derrotas = 03
Gols Pró = 09
Gols Contra = 13
Saldo de Gols = -04
Pontos = 08
Possíveis = 21
Fora de Casa
Jogos = 07
Vitórias = 02
Empates = 01
Derrotas = 04
Gols Pró = 09
Gols Contra = 12
Saldo de Gols = -03
Pontos = 07
Possíveis = 21
Gols Marcados = 18
Pés = 09
Cabeça = 06
Pênalti = 03
1º Tempo = 05
2º Tempo = 13
Gols Sofridos = 25
Pés = 20
Cabeça = 02
Pênalti = 03
1º Tempo = 12
2º Tempo = 13
Artilheiros:
Valdeci - 05
Digão - 03
Edinho - 03
Gabriel - 01
Batatinha - 01
William - 01
Robinho - 01
Felipão - 01
Alessandro - 01
Villy - 01
Técnicos:
Alexandre Vinck
Jogos = 04
Vitórias = 00
Empates = 02
Derrotas = 02
Gols Pró = 03
Gols Contra = 05
Saldo de Gols = -02
Pontos = 02
Possíveis = 12
Neca
Jogos = 04
Vitórias = 01
Empates = 01
Derrotas = 02
Gols Pró = 03
Gols Contra = 07
Saldo de Gols = -04
Pontos = 04
Possíveis = 12
José Luís Soares
Jogos = 06
Vitórias = 03
Empates = 00
Derrotas = 03
Gols Pró = 12
Gols Contra = 13
Saldo de Gols = -01
Pontos = 09
Possíveis = 18
Participações:
14 Jogos - Jorge e Villy
12 Jogos - Edinho, Liminha
10 Jogos - Matheus Dantas, Fernandinho, Valdeci,
09 Jogos - William, Robinho,
08 Jogos - Felipe Nathan, Alessandro, Vanderson,
06 Jogos - Edelvan, Diego Bruno, Digão, Felipe Chimak, Felipão,
05 Jogos - Guilherme e Joãozinho
04 Jogos - Márcio, Romário,
03 Jogos - Luciano Pirambu, De Paula, Pedrão,
02 Jogos - Gabriel, Batatinha, Claudinei, Felipe e Makson
01 Jogos - Danilo, Nenem e Fernando
Foram utilizados 32 jogadores