A melhor participação da Inter na Copa São Paulo foi em 2003, quando a equipe limeirense terminou em terceiro lugar, vencendo o Vasco da Gama nos pênaltis, após empate por 2 a 2 no tempo normal.
A Inter só não foi finalista naquele ano porque cruzou com o Palmeiras nas semifinais e o jogo foi disputado no Estádio Bruno José Daniel, em Santo André. O "Verdinho" tinha em seu elenco os jogadores Alceu, Diego Souza e Vágner Love entre os destaques e o placar foi de 7 a 1, ainda por cima de virada, já que Tutti abriu o placar.
O Palmeiras só não foi campeão porque perdeu nos pênaltis para o próprio Santo André. Esse jogo foi polêmico, pois o centroavante do Ramalhão era Nunes. O goleador imitou um "porquinho" e irritou os torcedores palestrinos. Naquele ano o time do ABC revelou Richarlyson.
Na primeira fase de 2003, a Inter caiu em um grupo com Auto Esporte/PB, América/RN e Corinthians. Na estreia, o time comandado pelo técnico João Paulo venceu por 3 a 1. Foi no dia 05/10 e os gols marcados por Jacaré, Tutti e Valdson. Na rodada seguinte, goleada sobre o América/RN por 5 a 2, em 08/01, gols de Valdson, Tutti, Dickson e Fabinho (2).
A vaga para a segunda fase foi decidida contra o Corinthians, em 12/01. O "Leãozinho" deu um show de bola e Valdson deitou e rolou para cima de Betão. Vitória da Inter por 2 a 1, dois gols do artilheiro Valdson.
Com a vaga assegurada para a segunda fase, a Inter continuou jogando no Limeirão. O primeiro mata-mata foi contra o Juventus da Capital. A Inter não tomou conhecimento, goleando por 5 a 1, impecavelmente e diante de 12 mil torcedores, gols de Valdson, Dickson, Tutti e Fabinho (2).
Com moral, a equipe limeirense jogou novamente em casa, desta vez com o Avaí, de Santa Catarina. Em um jogo dramático e decidido no último minuto, a Inter venceu por 3 a 2, de virada, gols de Fabinho, Tutti e Valdson. Aí veio o Palmeiras e a goleada por 7 a 1.
Um dos titulares da Inter era o saudoso zagueiro Max, que infelizmente morreu durante um treino do Botafogo em Ribeirão Preto, por problemas cardíacos. O time base da Inter era: Kleber; Bruno, Max, João Paulo e Dickson; Onaga, Jacaré, Rafael e Tutti; Fabinho e Valdson.
Esse mesmo time foi campeão Sub-20 do Campeonato Paulista de 2003 ao vencer o Paulista, em Jundiaí por 1 a 0, gol de Fabinho, único título da curta passagem da RI Sports Brazil em Limeira.
Pena que no mesmo ano a Internacional foi rebaixada para a Série A-2 no profissional, tendo vencido apenas um jogo, que foi do Juventus, no Limeirão, por 5 a 2.