Inter de Limeira terá Corinthians, Bragantino e Botafogo/PB como adversários no Grupo 11 da Copa São Paulo de Juniores em 2016. A sede será no Limeirão, que teve seu gramado todo trocado para a competição.
Já o Independente, que sofreu com problemas burocráticos, não foi incluído na sede de Águas de Lindóia, que terá Náutico, Paysandu, Guarani e Mogi Mirim.
O Santos caiu no Grupo 7, com sede em Araraquara. Enfrentará Ferroviária, Confiança/SE e América/PE.
O São Paulo está em Barueri no Grupo 17. Pegará Audax, Paulista e Tiradentes/CE.
Já o Palmeiras jogará em São José dos Campos pelo Grupo 25 e terá pela frente: São José, Sampaio Corrêa e Estanciano/SE.